В случае если закоротили светодиод, то неважно в каком месте находится токоограничивающий резистор, ток в этом случае протекающий через резистор и соответственно порт атмеги вполне себе может вывалится за нагрузочную способность последнего. Разбить светодиод, это еще постараться нужно, хотя в ловких и натруженных руках и не такое может случится
В таком случае, по феншую, светодиод нужно запитать через транзисторный ключ. Если подобрать транзюк по мощности рассеивания в аварийном режиме с запасом, то ничего страшного при закорачивании светодиода не произойдет. Как это все делается, поищите на специализированных форумах электронщиков. Тут электрики тусуются, хотя многие и в теме, однако формат форума не тот.