Суть проста: Есть 2 светильника, отведены 2-проводным кабелем в распредкоробку. Есть двухклавишный выключатель. От выключателя в распредкоробку надо протянуть минимум 3-проводный кабель.

Что мне не дает покоя: если взять "обычный" 3-проводной ВВГ до выключателя, то получается что на синем и желтозеленом проводах при включенном выключаетеле есть фаза, и эти провода соединяются с фазными проводами светильников. Я понимаю, что "все так делают", но всё-таки как делать правильно? Надо ли искать специальный 3-проводной кабель без синего и желтозеленого, или как-то маркировать зачищеную от общей изоляции часть кабеля, или ... ?

Как вариант, не нарушающий никаких норм и позволяющий разобраться в распайке любому, заглянувшему в неё.
Фазу из распред коробки до выключателя пустить по "фазному" проводнику (белый, чёрный, коричневый, серый, красный...), от 2х-кл. выключателя обратно в коробку фазу отправить по синему (голубому) и желто-зелёному проводникам, промаркировав эти проводники на концах, например, изолентой (красной, белй, чёрной....)

ЗЫ. А к люстрам и светильникам требуется прокладывать трёхжильные (в случае одной группы включения) проводники вне зависимости от наличия или отсутствия защитного контакта на конкретном светильнике.

Кабели и провода бывают одножильные ВВГ, ПУВ необходимых цветов.

В Питере ЭТМ продает ВВГ с жилами других цветов свободно.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Но специально заморачиваться не стал бы. Можно лентой обойтись или маркёром закрасить.
Если из коробки единственный кабель вниз идет и там только выключатель, то можно и так смекнуть.

Автор вы очень правильно слово Правильное взяли в кавычки. Или вы в энергонадзоре работаете и сами себя будете инспектировать вскрывая распредкоробки? А иначе ваша правильность будет правильной только в вашей голове.