Датчик электронного термостата собственно и следит за нагревом воды согласно установленной температуры, влючая и отключая тэн. Тот что каппилярный - это аварийный термостат, предназначен на случай если электроника "взбесится". При достижении критической температуры, обычно 95оС, полностью отключает нагреватель от сети. Сбросить (включить) этот термостат в последствии можно только вручную.
В какие дырки и в какой последовательности совать, это дело второстепенное

Лиш бы датчики грелись вместе с водой нормально, т.е. был нормальный тепловой контакт. Но конечно если дырок две, то удобнее будет каждой по своему термостату