Можно прокладывать кабель ВВГнг-LS 3х2,5, ВВГнг-LS 3х1,5 по потолку в ванной комнате и туалете без гофры (будет потолок из пластиковых панелей), какие еще варианты можете предложить? Можно ставить на свет распределительную коробку в ванную комнату и туалет?

Прокладывайте. Ко-во розеток необходимо минимизировать. Выключатели и распредкоробки выносите за пределы ванной комнаты.

Без гофры можно прокладывать? Как подключить точечные светильники, если распределительные коробки не ставить в ванной комнате и туалете? Есть документ, где указано, что нельзя ставить распределительные коробки в данных помещениях?

можно без, но лучше в гофре
светильники подключать в клемниках светильников
теоретически, если речь идет о Вашей квартире, можете делать что угодно, но ежели что - отвечать Вам

Есть ... и не один. Но там речь об установке распредкоробок в зоне 0, 1 и 2.
А посему, при высоте потолка более 2,25м, уже даже вне зоны 3, так что ставьте.