Объясните пожалуйста, есть ли разница как подключить одноклавишный выключатель. Вот схема первая: здесь фаза из коробки идет на выключатель, затем опять в коробку и с коробки с нулем на люстру.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

А вот вторая схема: фаза идет с коробки на выключатель, а с него сразу на люстру, минуя коробку:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Какая схема предпочтительна? Как понимаю, на первой схеме можно использовать двужильный кабель, а на второй одножильный для подключения к люстре.

С точки зрения электрики - никакой разницы. Ну, кроме того, что соединения есть соединения. Переходные сопротивления, всё такое...
Есть разница с точки зрения прокладки. ПРостой одножильный провод с одинарной изоляцией, скажем, под штукатурку - низзя. А брать одножильный кабель для таких целей - наверное, бессмысленно.
А вот если (пример из практики) по существующим заложеным в бетоне пластиковым трубкам, преднозначенным специально для прокладки проводов - то самое оно. Меньше возни в коробках, сразу прямые провода от выключателя до люстры. Или гофра. Но это по месту.
Резюме: С точки зрения электричества - без разницы. С точки зрения монтажа - есть нюансы.

А с точки зрения безопасности?

С точки зрения поражения током при замене лампы, никакой. И в том и в другом случае у вас выключателем рвётся фаза.
С точки зрения поражения током при сверлении стен, тут как трассы проложены и насколько вы их расположение знаете.