К каким последствиям может привести применение пункта 3.5.4 (Действия или бездействие руководящих работников организаций) при составлении акта раследования технологического нарушения?

в каком смысле?

Это вы сами себе такой признак нарисовали?! Смотрите КПЭ - там обычно 3.4.7. и подобные влияют на премию.