Подскажите может ли прибор ИС-10 фактически замерить сопротивление меньше 1 ОМ.

Да. Но если это обмотка, не верный будет результат, ИС-10 мереет переменкой (прибор предназначен не только для измерения ЗУ). Если это ЗУ, бывает показывает и "0,00 Ом" (когда есть связь с коммуникациями, и другими ЗУ). Замерить реально, но это бывает не совсем коректно относительно методики измерения данным прибором.

Инспектор может докопаться что показания меньше 1Ом неправильные и прибор не подходит для данных измерений.

По точней бы, почему? По паспорту предел измерения от 1 мОм. Что измеряли Вы, и почему не правильные показания менее 1 Ом?

Замеряли переходное сопротивление. Результат 0,05 Ом. Инспектор утверждает, что измерения не соответвуют действительности т.к. в паспорте прибора измерения только с 1Ом. Как с ним поспорить.

в данном случае нужно спорить сначала с изготовителем

У меня в паспорте написано про диапазон "до 999мОм с разрешающей способностью 1мОм". Такого вопроса от инспекторов РТН не возникало. Если у Вас "с 1 Ом", спорить не получиться. Ищите прибор с нужным паспортным диапазоном. Знакомые пищут в протокол и мост постоянного тока. Может ИФН-200 есть у вас?