Подскажите как правильно выбирается сечение провода для разводки в щитке между автоматами, как одиночно проложенного или есть какие то другие правила?

Для этого этого надо просчитать токи короткого замыкания, на их основании выбрать нужное сечение. Если внутри щита, то модульные автоматы между собой соединяются гребёнкой 10 или 16 квадратов, провода в данном процессе не принимают участия. Если же речь идёт о снятии питания с шины до автомата, то сечение берётся относительно номинального тока автомата (или суммы автоматов если параллельно несколько автоматов) - это в случае если от шины до автоматов расстояние менее 3 метров; если же от шин до автоматов более 3 метров, то сечение берётся по предохранителю перед щитом.

Разводка внутри щитка будет, если вводной 40 ампер, далее до счетчика, потом к узо, к групповым каким проводом? 4 кв.мм по таблице 50 ампер если один или в щитках надо в любом случае 6 или 10 кв.мм или расчитывать как прокладку в трубе тогда 4 уже не подходит.

как одиночного, но если есть возможность, лучше брать на сечение выше

Все зависит от способа укладки.
1 способ: От вводного автомата прямолинейно к каждому автомату - типа лучи. Вот тогда да - как одиночно проложенных. Но тогда и нулевые проводники должны идти так же.
2 способ: От вводного автомата под прямыми углами в жгуте - тогда нужно считать как проложенные пучком с учетом понижающих коэффициентов при большом количестве одновременно нагруженных провдников. Значения - в ПУЭ. Нулевые проводники в этом случае могут идти как угодно - хоть вместе с другими нулями, хоть порознь.
3 способ - шинками. Тут смотри на параметры шинки и как ты будешь на нее подавать напряжение.

Тупо купите " гребенку" http://remont220.ru/grebenka.php для автоматов и не партесь